Grundlage ist nach Angaben des Projekts die vollhomomorphe Verschlüsselung (Fully Homomorphic Encryption, FHE), mit der sich direkt auf verschlüsselten Daten rechnen lässt. Führt ein Vertrag auf der Host-Chain, auf der die Anwendung läuft, eine solche Operation aus, rechnet die Host-Chain laut Projekt nicht selbst, sondern erzeugt einen Verweis auf das Ergebnis und löst ein Ereignis aus, das ein Netz von Coprocessors (Zusatzrechner für die Berechnung) benachrichtigt, die die eigentliche Berechnung ausführen. Was die Coprocessors tun, ist nach Angaben des Projekts öffentlich überprüfbar, und jeder kann die verschlüsselten Ergebnisse neu berechnen, um sie zu prüfen. Per Zero-Knowledge Proof (Beweis ohne Preisgabe der Daten) wird sichergestellt, dass Nutzer ihre Eingaben korrekt verschlüsselt haben.
Den privaten Schlüssel teilen sich nach Angaben des Projekts mehrere Beteiligte; dafür dient ein Threshold-MPC-Protokoll (Berechnung durch mehrere Parteien) als Key Management Service, kurz KMS (Dienst zur Schlüsselverwaltung). Entschlüsseln darf ein Nutzer oder Vertrag einen Wert demnach nur, wenn der Vertrag, der ihn erzeugt hat, es zuvor ausdrücklich erlaubt hat. Die Anfrage geht an das Gateway, das den Ablauf des Protokolls steuert und sie an die Beteiligten des KMS weiterleitet. Für das Gateway betreibt das Projekt einen eigenen Arbitrum-Rollup (gebündelte Transaktionsverarbeitung), der nur dem Zama Protocol dient und keine Verträge Dritter zulässt.
Änderungen am Protokoll werden nach Angaben des Projekts nur wirksam, wenn eine Mehrheit der Betreiber sie übernimmt; dazu zählen Software-Updates, Änderungen der Gebühren und die Unterstützung einer neuen Host-Chain.